对这种现象，科学家们一直解释说动物雨很可能是龙卷风造成的。因为当龙卷风急速地经过湖泊或海洋上方时，可能会把水以及水里的一些东西带进云层中。它们会随着暴风云中的强风翻山越岭，漂洋过海，进行长途穿行，最后，随着风力的减弱，它们便会从云端坠落下来，有时可能伴随着雨水，而有时落到地面的可能只有这些动物的尸体。
七尾市的“蝌蚪雨”出现后，一时间议论纷纷，很多人也认为蝌蚪可能是由龙卷风带到空中，而后又甩向了地面，但一名气象局官员却称这种可能性非常小，他说：“人们猜测是海上龙卷风将这些蝌蚪带到空中去的，但从气象学角度来讲，我认为这不可能。我们已经调查了上周的气候报告，的确有旋风经过了这里，但并不强烈，没有造成任何破坏。”按照这种说法，这种连人都没有感知的旋风级别很小，不大可能把蝌蚪带到空中去。
还有另外一种更加奇特的说法，日本鸟类保护联盟的专家认为，很可能是苍鹭等鸟类进食后，在飞行中受到了惊吓，所以将刚刚吃进腹中的蝌蚪吐了出来。显然，这种观点更加经不住推敲，因为虽然大型的苍鹭一次进食可能达到100多只蝌蚪的数量，但是其经过消化后的呕吐物，只可能是模糊的团状物，而不可能是整只蝌蚪。