在当时，吏部属于六部中最重要的部门。之前万历皇帝还下旨给吏部尚书，让他代表整个吏部出面，挽留张居正留任。当时，礼部的官员也有两派，一派是在催促吏部尚书按照皇帝说的办，而另一派则持坚决不支持的态度。由于最后的趋势越来越有利于反对派，因此吏部尚书以及礼部侍郎达成一致，以“有碍礼义廉耻”的借口拒绝了张居正“夺情”的要求。
而张居正也清楚地知道，自己“夺情”的想法本来就不合礼制，因此他并未站出来为自己辩解，而是任由他人指责。
4.陷于“廷杖事件”
在这场接连出现的弹劾事件中，张居正能做的只有上疏皇帝，请求回乡丁忧。而万历皇帝也明白张居正的意思，因而两个人配合得十分默契。张居正一再上疏，而万历皇帝则一再挽留——对于张居正的上疏，万历皇帝一一驳回。其原因只有一套说辞：先生是先皇认定的顾命大臣，朕心智还不成熟，所以还要依赖于先生，因此先生万万不能离开京城。
就这样，两人来来回回地折腾，最后张居正也没有耐心了，他说：“朝中人才那么多，大家都是忠于朝廷的人，为什么偏偏我就不能离开呢？”其实，这句话只是他的牢骚而已，他的本意自然不是这样的。
而在这个敏感的时期，又有一个叫邹元标的人站了出来。他上疏称：“皇上一直说自己心智不成熟，所以还要依赖于张居正，更离不开张居正。但是如果有一天，张居正也去世了，那皇上也不活了吗？如果皇上一直这样放纵张居正，那么时间久了他便会恃宠而骄，甚至连皇上的话也不放在心上了。后人如果都效仿张居正的做法，那么就有可能发生谋朝篡位的事。”