孝宗在剪除奸邪的同时，也十分注重选贤任能。他即位之初，就大量起用正直贤德之士。为了熟悉官吏的情况，弘治元年（1488年）三月，孝宗就诏令吏部和兵部，把北京和南京的文武大员、地方守备等重要官吏的名单全部抄录下来，贴到文华殿，凡有变动，随时更改。他还多次强调，选拔官吏要以实际政绩为标准。因此，孝宗身边很快就汇聚了一大批忠心耿耿、精明能干的大臣。尤其是李东阳、谢迁、刘建等名臣，孝宗对他们非常器重，平时以“先生”称之，这几人在内阁的知名度堪比仁宗朱高炽时期的“三杨”。
孝宗为政非常勤勉，他从即位起，就下令恢复了正统年间废止的午朝，并坚持每天上朝听政，执政十几年从不间断。一天晚上，仁寿宫失火，孝宗一夜未眠，第二天起床后就感到精神不济，他不想去上朝，可又不愿违背自己定下的制度，就派心腹宦官去告知群臣，才稍感安心。孝宗对自己的要求十分严格，他力求节俭，减少皇室的开支，也从不大兴土木，做劳财伤民之事。他对皇室宗亲的行为也严厉约束，不准他们仗势欺人，为害百姓。他对宦官更是严加管束，以防重蹈前朝宦官专权乱政的覆辙。所以孝宗时期，皇室的行为都比较收敛，东厂、锦衣卫也恪尽职守，社会矛盾逐渐趋于缓和，人民生活也日渐稳定。
